Persatuan Genetik Daripada Imbasan Seluruh Genom Untuk Ciri Penyakit Kardiovaskular Tersedia

2023 Pengarang: Bailey Leapman | [email protected]. Diubah suai terakhir: 2023-09-16 19:06

Penyelidik dari Sekolah Perubatan Universiti Boston (BUSM), Sekolah Kesihatan Awam Universiti Boston (BUSPH), dan Institut Jantung, Paru dan Darah Kebangsaan (NHLBI), telah menyelesaikan analisis imbasan seluruh genom pada kumpulan dua generasi peserta dari mercu tanda Kajian Jantung Framingham (FHS).

Analisis, yang mengkaji perbezaan genetik yang berpotensi menjejaskan risiko penyakit kardiovaskular dan gangguan lain menggunakan data yang dikumpul daripada peserta FHS, diterangkan dalam satu siri artikel yang diterbitkan baru-baru ini dalam BMC Medical Genetics.

Dikenali sebagai imbasan seluruh genom Framingham 100K, hasilnya juga tersedia secara percuma melalui pangkalan data Genotip dan Fenotip, atau dbGaP yang dibangunkan oleh Pusat Maklumat Bioteknologi Nasional Perpustakaan Negara (NCBI). Pangkalan data menyediakan beberapa penambahbaikan elektronik untuk melihat dan memeriksa data, seperti membolehkan pengguna menelusuri butiran yang tepat tentang semua perkaitan dan membenarkan data diterokai dalam konteks sumber genomik NCBI yang lain.

"Kami teruja dengan kemungkinan kajian persatuan seluruh genom dalam mendedahkan komponen genetik yang terlibat dalam penyakit kardiovaskular dan faktor risikonya, " kata pengarang utama kertas tinjauan L. Adrienne Cupples, PhD, seorang profesor biostatistik di BUSPH.

The Framingham Heart Study ialah kajian membujur besar yang disokong oleh NHLBI Institut Kesihatan Nasional dan dijalankan dengan kerjasama Universiti Boston. Kajian itu telah menjadi sumber penemuan penyelidikan utama mengenai sumbangan tekanan darah tinggi, kolesterol tinggi, merokok dan faktor risiko lain kepada perkembangan penyakit kardiovaskular.

Penyakit kardiovaskular ialah penyakit utama di kalangan rakyat Amerika, yang menjejaskan kira-kira satu pertiga daripada populasi dan mengakibatkan lebih daripada 870, 000 kematian setiap tahun. Penyakit kardiovaskular dan faktor risikonya mempunyai penyumbang genetik yang besar. Penyelidik FHS dan yang lain sebelum ini telah melaporkan bahawa ciri-ciri tertentu yang berkaitan dengan penyakit jantung, tekanan darah, lipid, diabetes dan berat badan boleh diwarisi sebahagian besarnya dan boleh dikaitkan atau dikaitkan dengan kawasan genomik tertentu.

Untuk menilai cara variasi genetik menyumbang kepada ciri atau fenotip ini, para penyelidik menilai genotip daripada Set Pemetaan Manusia GeneChip Affymetrix 100K menggunakan DNA daripada 1, 345 peserta FHS dalam dua generasi. Teknologi genotaip ini menguji DNA subjek di 100, 000 tapak di sepanjang genom di mana orang diketahui lazimnya berbeza.

Penyelidik kemudian mencari perkaitan antara genotip dan 987 langkah "fenotip" klinikal, yang dikumpul oleh FHS sepanjang 59 tahun susulan, termasuk faktor risiko kardiovaskular dan biomarker; penyakit kardiovaskular; kanser; umur panjang dan penuaan; dan ciri-ciri dalam bidang fungsi paru-paru, tidur, neurologi dan fungsi buah pinggang dan endokrin.

"Adalah menjadi harapan kami bahawa hasil daripada kajian persatuan seluruh genom akan membawa kepada pemahaman yang lebih mendalam tentang peranan variasi genetik biasa dalam perkembangan penyakit kardiovaskular dan faktor risikonya, " kata Philip A. Wolf, MD, penyiasat utama kajian ini dan seorang profesor neurologi, profesor penyelidikan perubatan (epidemiologi dan perubatan pencegahan) di BUSM. "Walaupun keputusan ini harus dianggap sebagai penjanaan hipotesis dan perlu direplikasi, kertas kerja ini jelas memberikan bukti persatuan seluruh genom," tambahnya.

Menurut penyelidik, kerana tapak Web dbGaP NCBI membenarkan penyiasat menyemak corak kepentingan statistik dalam ujian persatuan genetik yang tidak ditapis merentas keseluruhan genom manusia, penyelidik di seluruh dunia akan dapat mengakses dengan pantas dan berpotensi meniru atau menafikan penemuan daripada kajian FHS 100K atau membangunkan hipotesis baharu untuk penyelidikan lanjut.

"Laman web NCBI mempunyai kelebihan tambahan untuk memautkan ke berpuluh-puluh pangkalan data lain, sekali gus menyediakan akses kepada data manusia dan haiwan lain yang berkaitan. Pertukaran data percuma akan mempercepatkan penemuan laluan kepada penyakit manusia, " kata Emelia J. Benjamin, MD, ScM, seorang profesor perubatan di BUSM dan salah seorang pengarang yang menyumbang.

"Projek Framingham Heart Study 100K telah menyiasat beratus-ratus fenotip dan oleh itu ia adalah antara kajian persatuan seluruh genom terbesar seumpamanya, mewakili set pertama penemuan persatuan seluruh genom daripada FHS, " nota Christopher J. O'Donnell, MD, MPH, FHS, pengarah bersekutu dan penasihat kanan kepada pengarah NHLBI untuk penyelidikan genom. "Keputusan ini menetapkan peringkat untuk pelancaran kajian persatuan seluruh genom yang dibiayai NHLBI yang lebih besar dan lebih berkuasa dalam FHS yang dikenali sebagai SHARe (Sumber Persatuan Kesihatan SNP), yang akan tersedia pada musim gugur 2007."

Pangkalan data jika tersedia di